Προϊστορικά και αρχαία χρόνια
Η παλαιότερη καταγεγραμμένη ένδειξη για ζωή στο Ρέθυμνο είναι νεολιθικά όστρακα που εντοπίστηκαν σε επιφανειακές έρευνες στο λόφο του Παλαιοκάστρου, (εκεί όπου είναι χτισμένο το Βενετσιάνικο φρούριο “Φορτέτζα”). Οι πρώτοι κάτοικοι της περιοχής ήταν Μινωίτες της Υστερομινωικής περιόδου. Αυτό αποδυκνύεται από ένα μεγάλο κρατήρα με σχηματοποιημένο χταπόδι, μια ψηλόποδη κύλικα και τρεις ψευδόστομους αμφορείς που βρέθηκαν σε λαξευτό τάφο της εποχής (1350-1250 π.Χ.), ο οποίος ανασκάφτηκε στα 1947 στο Μασταμπά, προάστιο της πόλης.
Ρέθυμνο παλιά πόλη
Φυσικά, η πιο γνωστή ίσως σύνδεση του Ρεθύμνου με την αρχαιότητα είναι η πόλη-κράτος Ρίθυμνα, γνωστή από τον 5ο αιώνα.
Η πόλη αυτή πιθανόν να εκτεινόταν στην ίδια θέση με το σημερινό Ρέθυμνο. Μαρτυρίες για την ύπαρξη της πόλης υπάρχουν από τον 5ο-4ο αι. π.Χ. και είναι κυρίως τα αργυρά και χάλκινα νομίσματα, τα οποία έφεραν στη μια όψη την κεφαλή του Απόλλωνα ή της Αθηνάς, και στην άλλη τρίαινα ή δύο δελφίνια ή αίγα.
Το όνομα της πόλης αναγράφεται με διάφορους τύπους, όπως ΡΙΘΥ, ΡΙ, ΙΡ, ΡΙΘ, Ρ. Προστάτες Θεοί της Ρίθυμνας ήταν ο Απόλλωνας και η Αθηνά και η πόλη γνώρισε τότε την πρώτη ακμή της ως αυτόνομη, με προτίμηση στις ναυτικές δραστηριότητες.[7] Τον 2ο Αιώνα ΠΚΕ μαρτυράται από Δελφική επιγραφή, τον 1ο Αιώνα μ.Χ. από τον Πλίνιο, τον 2ο Αιώνα ΚΕ από τον Κλαύδιο Πτολεμαίο και τον τρίτο από τον Κλαύδιο Αιλιανό, ο οποίος μνημονεύει τη Ρίθυμνα σαν κώμη και ότι στα παράλια της οποίας ζούσε ένας σοφός Κρητικός ψαράς, ο οποίος έφτιαξε ένα αντιλυσσικό φάρμακο από τα εντόσθια ενός ιππόκαμπου.